diff --git a/sepolgen/src/sepolgen/Makefile b/sepolgen/src/sepolgen/Makefile
index 9ac76515..d3aa7715 100644
--- a/sepolgen/src/sepolgen/Makefile
+++ b/sepolgen/src/sepolgen/Makefile
@@ -11,5 +11,4 @@ install: all
 clean:
 	rm -f parser.out parsetab.py
 	rm -f *~ *.pyc
-
-
+	rm -rf __pycache__
diff --git a/sepolgen/tests/Makefile b/sepolgen/tests/Makefile
index 924a9bed..e17eef22 100644
--- a/sepolgen/tests/Makefile
+++ b/sepolgen/tests/Makefile
@@ -4,8 +4,11 @@ clean:
 	rm -f *~ *.pyc
 	rm -f parser.out parsetab.py
 	rm -f out.txt
+	rm -f module_compile_test.fc
+	rm -f module_compile_test.if
 	rm -f module_compile_test.pp
 	rm -f output
+	rm -rf __pycache__ tmp
 
 test:
 	$(PYTHON) run-tests.py