Linuxové ovladače zvukových karet mají problémy s kompatibilitou. Proto MPlayer spoléhá na vestavěnou vlastnost správně naprogramovaných ovladačů zvukových karet, která umožňuje udržet audio a video synchronizované. Bohužel, někteří autoři ovladačů nezakódovávají tuto vlastnost, protože není nutná pro přehrávání MP3 nebo zvukové efekty. Ostatní přehrávače médií jako je aviplay nebo xine pravděpodobně fungují s těmito ovladači jak jsou, protože používají "jednoduché" metody s interním časováním. Měření prokázalo, že jejich metody nejsou tak výkonné jako ty z MPlayeru. Při použití MPlayeru s dobře napsanými audio ovladači nebudete mít nikdy potíže s rozcházením zvuku s videem v závislosti na zvuku. Výjimkou jsou pouze velmi špatně vytvořené soubory (prostudujte si man stránku jak to obejít). Pokud se stalo, že máte špatný zvukový ovladač, zkuste volbu -autosync, ta by měla vyřešit vaše problémy. Podrobné informace viz man stránka. Několik poznámek: Pokud máte ALSA verze 0.5, pak budete téměř vždy použít -ao alsa5, jelikož ALSA 0.5 má vadný kód OSS emulace a zhavaruje MPlayer se zprávou podobnou této: DEMUXER: Příliš mnoho (945 ve 8390980 bajtech) video paketů v bufferu! Pokud vám zvuk klape při přehrávání z CD-ROM, zapněte odmaskování IRQ tak, jak je to popsáno v sekci CD-ROM.